Les catacombes ont été créé suite à d’importants problèmes de salubrité dans les cimetières de la ville. La décision de transférer les ossements dans une carrière hors de la ville a donc été prise.
Les premières évacuations ont lieu de 1785 à 1787 et concernaient le principal cimetière de Paris, les Saints-Innocents.
Les transferts des os sont effectués de nuits pour éviter les réactions défavorables de la population et de l’Eglise. Les os sont ensuite répartis et entassés dans les galeries de la carrière.
Ces transferts reprennent par la suite et se poursuivent jusqu’en 1814 avec la suppression de cimetières paroissiaux du centre de Paris tels que Saint-Eustache, Saint-Nicolas-des-Champs et le couvent des Bernardins. Puis recommencent lors de travaux d’urbanisme de Louis Philippe et lors des chantiers haussmanniens de la capitale.
En avril 1786, le site est nommé « Ossuaire municipal de Paris ».
En 1809, le site est ouvert au public et les visites rencontrent rapidement un grand succès.
En 1860, les derniers dépôts d’ossements ont lieu à l’occasion des travaux d’urbanisme haussmanniens.
Aujourd’hui, les catacombes sont ouvertes à tous et accueillent chaque année près de 550 000 visiteurs.